增值税扣税凭证需要认证的，有以下两种方式：
一是纸质发票认证。指纳税人持纸质发票抵扣联，直接到主管税务机关进行认证。
二是增值税专用发票网上认证。增值税专用发票网上认证是指增值税一般纳税人使用扫描仪采集专用发票抵扣联票面信息，生成电子数据，通过互联网报送税务机关，由税务机关进行解密认证，并将认证结果信息返回纳税人的一种专用发票认证方式。
②增值税扣税凭证认证、抵扣期限
增值税一般纳税人取得的增值税专用发票(含货运增值专用发票)、公路内河货物运输业统一发票和税控机动车销售统一发票，应在开具之日起180日内到税务机关办理认证，并在认证通过的次月申报期内，向主管税务机关申报抵扣进项税额；取得的海关进口增值税专用缴款书应在开具之日起180日后的第一个纳税申报期结束以前，向主管税务机关申报抵扣进项税额。(参考国税函[2009]617号)
【案例】
某纳税人2012年1月1日取得外购汽油增值税专用发票，票面金额为10万元，该纳税人于2012月5月28日认证，并与认证当月抵扣。(该张增值税专用发票抵扣的期限是自开票之日起180天内，即抵扣的最晚期限为2012年6月28日)。
③逾期扣税凭证和未按期抵扣的增值税扣税凭证的处理
对增值税一般纳税人发生真实交易但由于客观原因造成增值税扣税凭证逾期的，经主管税务机关审核、逐级上报，由国家税务总局认证、稽核比对后，对比对相符的增值税扣税凭证，允许纳税人继续抵扣其进项税额。
增值税一般纳税人取得的增值税扣税凭证已认证或已采集上报信息但未按照规定期限申报抵扣的，属于发生真实交易且具有客观原因的，经主管税务机关审核，允许纳税人继续申报抵扣其进项税额。
3.进项税额不得抵扣的一般规定
①纳税人取得的增值税扣税凭证不符合法律、行政法规或者国家税务总局有关规定的，其进项税额不得从销项税额中抵扣。纳税人凭通用缴款书抵扣进项税额的，应当具备书面合同、付款证明和境外单位的对账单或者发票。资料不全的，其进项税额不得从销项税额中抵扣。
②用于适用简易计税方法计税项目、非增值税应税项目、免征增值税项目、集体福利或者个人消费的购进货物、接受加工修理修配劳务或者应税服务。
已抵扣进项税额的购进货物、接受加工修理修配劳务或者应税服务，发生转移用途后用于集体福利或者个人消费以及自用的，应当将该进项税额从当期进项税额中扣减；无法确定该进项税额的，按照当期实际成本计算应扣减的进项税额。
注：非增值税应税项目，是指非增值税应税劳务、转让无形资产(专利技术、非专利技术、商誉、商标、著作权除外)、销售不动产以及不动产在建工程。
